Поиск горизонтальных переносов: лекция и тренинг

Лектор: Анна Костикова: PhD in computational biology/comparative genomics, University of Lausanne, Switzerland, популяризатор Open Science и Reproducible Research, CSO в InsideDNA

• Проблема с big data и reproducibility в life science
• Технические аспекты, лимитирующие ученых в работе с big data
• Решения, позволяющие ученым анализировать big data/reproducibility
• Представление архитектуры и функционала InsideDNA
• Практический пример: статья в PLOS с reproducible URLs (iMethods)
• Демонстрация платформы
• Почему облачные вычисления — неизбежная участь научного сообщества

• Введение: tree of life vs web of life, понятие горизонтального переноса, примеры
• Важность переноса в эволюции бактерий
• Механизмы переноса
• Пайплайн для детектирования переноса в бактериях: reciprocal blast, orthology clustering, sequence re-arrangement, massive re-alignment, tree reconstruction, model testing, GC content, synteny blocks detection
• Фокус на реконструкции филогений и тестировании моделей
• Понятие максимального правдоподобия
• Расчет максимального правдоподобия для деревьев
• Методы поиска топологий
• Методы оптимизации длин ветвей и эволюционных моделей
• Основные типы эволюционных моделей
• Сравнение максимального правдоподобия — log — likelihood + AIC

• Введение в особенности группы протеобактерий
• Особенности генов, ответственных за разложения мышьяка, и важность видов, способных к разложению
• Построение деревьев для нескольких генов
• Тестирование и сравнение моделей
• Выбор оптимальной модели
• Визуализация полученных топологий
• Обсуждение результатов и заключение

Как попасть в Ключ:

1. С ул. 1905г.: под шлагбаум, мимо клубов Jagger, затем Tiffany, пространства "Надежда", направо в нишу за рестораном Touche.

2. С ул. Рочдельской: под шлагбаум напротив АЗС "Лукойл", к клубу StereoDome, затем направо в арку, прямо до надземного перехода между строениями. После него — налево, вдоль длинного двухэтажного здания до конца. Налево в нишу сразу перед рестораном Touche.