• 31 мая 2016, вторник
  • Москва, Тех-хаб "Ключ", ул. Рочдельская, 15, стр.17

Поиск горизонтальных переносов: лекция и тренинг

Регистрация на событие закрыта

Извините, регистрация закрыта. Возможно, на событие уже зарегистрировалось слишком много человек, либо истек срок регистрации. Подробности Вы можете узнать у организаторов события.

Другие события организатора

509 дней назад
31 мая 2016 c 19:30 до 22:00
Москва
Тех-хаб "Ключ", ул. Рочдельская, 15, стр.17

Ученые-биоинформатики и разработчики из команды InsideDNA расскажут, как и зачем биоинформатику использовать облачные сервисы, а также как использовать филогенетические деревья для детектирования горизонтального переноса генов у бактерий.

Лектор: Анна Костикова: PhD in computational biology/comparative genomics, University of Lausanne, Switzerland, популяризатор Open Science и Reproducible Research, CSO в InsideDNA

Лекция, 30 мин: облачные вычисления для воспроизводимых научных исследований в геномике, биоинформатике и life science: платформа InsideDNA
  • Проблема с big data и reproducibility в life science
  • Технические аспекты, лимитирующие ученых в работе с big data
  • Решения, позволяющие ученым анализировать big data/reproducibility
  • Представление архитектуры и функционала InsideDNA
  • Практический пример: статья в PLOS с reproducible URLs (iMethods)
  • Демонстрация платформы
  • Почему облачные вычисления — неизбежная участь научного сообщества
Лекция, 1 час: использование филогенетических деревьев для детектирования горизонтального переноса генов в бактериях: тестирование и сравнение альтернативных моделей и топологий
  • Введение: tree of life vs web of life, понятие горизонтального переноса, примеры
  • Важность переноса в эволюции бактерий
  • Механизмы переноса
  • Пайплайн для детектирования переноса в бактериях: reciprocal blast, orthology clustering, sequence re-arrangement, massive re-alignment, tree reconstruction, model testing, GC content, synteny blocks detection
  • Фокус на реконструкции филогений и тестировании моделей
  • Понятие максимального правдоподобия
  • Расчет максимального правдоподобия для деревьев
  • Методы поиска топологий
  • Методы оптимизации длин ветвей и эволюционных моделей
  • Основные типы эволюционных моделей
  • Сравнение максимального правдоподобия — log — likelihood + AIC
Тренинг, 1 час:
  • Введение в особенности группы протеобактерий
  • Особенности генов, ответственных за разложения мышьяка, и важность видов, способных к разложению
  • Построение деревьев для нескольких генов
  • Тестирование и сравнение моделей
  • Выбор оптимальной модели
  • Визуализация полученных топологий
  • Обсуждение результатов и заключение

Как попасть в Ключ:

1. С ул. 1905г.: под шлагбаум, мимо клубов Jagger, затем Tiffany, пространства "Надежда", направо в нишу за рестораном Touche.

2. С ул. Рочдельской: под шлагбаум напротив АЗС "Лукойл", к клубу StereoDome, затем направо в арку, прямо до надземного перехода между строениями. После него — налево, вдоль длинного двухэтажного здания до конца. Налево в нишу сразу перед рестораном Touche.

Регистрация

Рекомендуемые события

Организуете события? Обратите внимание на TimePad!

Профессиональная билетная система, статистика продаж 24/7, выгрузка списков участников, встроенные инструменты продвижения, личный кабинет для самостоятельного управления и еще много чего интересного.

Узнать больше